Kuyu kirliliğinin önlenmesi açısından kuyu yeri seçilirken bazı noktalara dikkar edilmelidir. Seçilen kuyu yerleri:
-Akarsu ve kuru derelerin taşkın alanlarının dışında olmalıdır.
-Kayma, deprem vb görülen bölgelerin ve bataklıkların uzağında bulunmalıdır.
-Eğimli yamaçlarda tuvalet kuyularından aşağıda olmamalıdır.
-Deniz suyunun yeraltı suyu içine girişini önleyecek kadar sahilden içeride olmalıdır.
-Daha önce açılmış kuyuların etki alanlarının dışında seçilmelidir.
-Mezarlıklar içinde kuyu açılamaz.
-Kuyu yakınında taş çıkarma, vb. uygulamaları yapılmamalı, hendek açılmamalıdır
-Kuyu yakınında enjeksiyon kuyusu bulunmamalıdır
-Kuyu terk edilmiş kuyuların yakınında açılmamalıdır
-Kirletici kaynaklardan yeterince uzakta olmalıdır. Toprağın geçirgenliği fazla ise bu uzaklık artırılmalı, özellikle geçirgen kumlu topraklarda 150-200 metreye kadar çıkarılmalıdır. Gerek kuyularda gerekse yer altı su tabakasında mikroplar 3 m derinliğe ve doksan cm. yanlara kadar yayılabileceği akılda tutulmalıdır.
Kuyu suyu, toprağın yüzey suları ile kirlenmiş veya kirlenecek sulardan olmamalı. Derinliği 6 metreden fazla olmalıdır. Kuyu suyunun günlük sıcaklık değişimi fazla ise dışarıdan sızıntı olduğu ve kirlenme tehlikesi olduğu anlaşılır.
Bazı kirleticiler kuyu ağzından girer. Bu nedenle muhafaza borusu ile pompa (veya tulumba) emme borusu arasındaki boşluğun uygun bir conta veya salmastrayla tıkanması gerekir.
- Kuyunun üstü örtülmeli ve tulumba takılmalıdır. Ağzı açık bir kuyuda, su geçirmeyen betondan kapak kullanılması uygundur.
-Kirleticilerin kuyuya girdiği diğer bir yerde duvarın dış kısmıdır. Bunu önlemek için beton veya kil ile iyice sıkıştırmak ve üst tarafını kapatmak gerekir. Kuyunun toprak sınırından aşağıya doğru, dışarıdan olabilecek sızıntılara karşı kuyunun dışı 2- 3 m. Derinlik ve 0, 5 m. Kalınlıkta bir kil tabakasıyla çevrilir. Kuyuda su seviyesi zeminden itibaren en az 4-5 m. aşağıda olmalıdır.
-Zorunlu olarak kova ve ip kullanılacaksa ipe ve kovaya değmeyi önleyecek sistem kurulmalıdır.
-Kuyunun ağzı en az 50-70 cm yüksekliğinde bir bilezikle çevrilmelidir.
-Kuyunun üst kısmının çevresi sıkıştırılmış kille iyice su sızdırmaz duruma getirilir. Kilin üzerine kaba sert dolgu malzemesiyle zemin yapıldıktan sonra kuyu dahil 2, 5-3, 5 m olacak biçimde kuyu bileziğini çevreleyen çimento bir basamak yapılır.
