Kuyu sularının jeofizikokimyasal ve biyolojik kirliliği önemli kişi ve toplum sağlığı sorunlarına neden olabilmektedir. Şebeke suyunun bağlanması nedeniyle kuyu sularından yararlanmaktan vazgeçilse bile kuyular izlenmek zorundadır. Kriz dönemlerinde bütünüyle denetimsiz kalan kuyulardan yararlanılması çok büyük tehlike yaratır.
Kuyulardaki kirleticilerin bazıları doğal kaynaklı, bazıları insan etkinliklerine bağlıdır. Doğal kaynaklı olanlar mikroorganizmalar, radyoaktif maddeler, radon, nitrat ve nitritler, ağır metaller, flüorürler; insan etkinliğine bağlı olanlarsa bakteri ve nitratlar, ağır metaller, kimyasal gübre ve canlıkıranlar, evsel kimyasallar olabilir.
Kuyu çevresindeki toprağın kirliliği kuyu suyunun kirliliği ile yakından ilişkilidir. Eğimli bir arazide kuyuların tuvalet çukurlarından daha aşağı düzeyde açılması kirlenme tehlikesini artırır. Eğimli arazide açılan kuyuların kirlenme tehlikesi yüksektir.
Yeraltı suları, dolayısıyla kuyular:
-Gübre, hayvan gübresi, haşere kırıcılar
-Tuvalet çukurları, kanalizasyon sızıntıları
-Uygun yapılmamış yer altı depoları (petrol vb)
-Terk edilmiş kuyulardan olan sızıntılar
-Yüzeysel akıntılara karışan diğer kimyasallar
-Uygun olmayan biçimde depolanan atıklar
-Endüstriyel akıntılarla kirlenebilir
Kuyunun açıldığı bölgenin jeofizikokimyasal özellikleri kuyu suyu kirliliğini daha başlangıçta etkiler. Hatalı yer seçimi biyolojik ve kimyasal kirlenmeyi kolaylaştırabilir. Kuyulardan aşırı su çekilmesi kuyu suyundaki sülfat ve tuz oranını aşırı ölçüde artırabilir. Mikrobiyolojik kalitesi sağlansa bile çevreden karışan kimyasallar nedeniyle tehlikeli duruma gelebilir. Kent ilaçlamasında kullanılan maddelerin bazılarının kent içi kuyulara akması mümkündür. Kırsal kesimde de tarım ilaçları ve kimyasal gübreler karışabilmektedir.
Petrol istasyonlarına yakın açılmış kuyularda petrol ürünlerinin çok yüksek olduğu görülebilmektedir. Petrol ürünlerinin yer altı sularına karışmasına yol açan bu durum, ayın yer altı suyu tabakasında açılan diğer kuyuların sularının da kirlenmesine yol açar.
Kuyu kirliliğinin önlenmesiyle ilgili temel uygulamalar
1. Uygun yer seçimi
2. Uygun kuyu yapımı
3. Kirleticilerin kuyudan uzak tutulması
4. Yüzeysel geri akışın önlenmesi
5. Terk edilmiş kuyuların uygun biçimde kapatılması
6. Kuyu sularının düzenli olarak analizlerinin yapılmasıdır.
